El 13 de febrero de 2006 en Sepúlveda se firma el Protocolo de Colaboración entre la Consejería de Cultura y Turismo de la Junta de Castilla y León, el Excmo. Ayuntamiento de Sepúlveda y el Obispado de Segovia, para la realización del Museo de Los Fueros.

Tras la orden publicada el día 11 de julio por la Consejería de Cultura el Museo de los Fueros se encuentra integrado en  el Sistema de Museos de Castilla y León.

Los objetivos que guían al museo son constituir una institución de carácter permanente, que genere un nuevo foco de interés cultural en Sepúlveda, el estudio de la colección, trabajando para ello en su identificación, registro, inventariado y catalogación, para poder controlar y coordinar todo lo que concierne a los fondos museográficos,  elaboración y ejecución de programas de investigación, destinados al estudio tanto de las distintas piezas que constituyen la colección del museo, como del edificio, la Iglesia de los Santos Justo y Pastor, potenciando la redacción de publicaciones científicas del museo y la colaboración en programas de investigación de instituciones ajenas al museo.

Entre los intereses del museo destaca la realización de actividades de diversa índole, promocionando la visita de un público escolar, para lo que el departamento de educación, a través de la dirección del museo está llevando a cabo una programación de actividades con un marcado carácter didáctico y pedagógico. Por otra parte, atraer también al público más maduro, especialmente de la zona, con el fin de dinamizar  y hacer participe de la cultura a un sector de la sociedad que en las zonas rurales es numeroso.